• Desenvolvimento de marcadores moleculares para Eimeria spp. de galinha doméstica: RAPD (random amplified polymorphic DNA), SCARs (sequence characterized amplified region) e microssatélites;
  
• Genômica de Eimeria spp.: ORESTES de Eimeria tenella, E. acervulina e E. maxima;
  
• Caracterização morfológica e molecular de partículas virais de Eimeria spp.: microscopia eletrônica, seqüenciamento genômico e filogenia molecular;
  
• Caracterização de genomas mitocondriais de Eimeria spp.: seqüenciamento e filogenia molecular.
  

Bioinformática

• Desenvolvimento de ferramentas de diagnóstico à distância através de processamento digital de imagem;
  
• Desenvolvimento de ferramentas de análise de seqüências de DNA e proteínas: sistemas de geração de pipelines; interfaces de anotação, bancos de dados.
  

Publicações selecionadas:

Durham, A.M.; Kashiwabara, A.Y.; Matsunaga, F.T.G. ; Ahagon, P.H. ; Rainone, F.; Varuzza, L. & Gruber, A. (2005) EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics 12(21):2812-2813.

Fernandez, S.; Katsuyama, A.N.; Kashiwabara, A.Y.; Madeira, A.M.B.N.; Durham, A.M. & Gruber, A. (2004). Characterization of SCAR markers of Eimeria spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The Eimeria SCARdb). Fems Microbiology Letters 238(1):183-188.

Shirley, M.W.; Ivens, A.; Gruber, A.; Madeira, A.M.B.N; Wan, K.L.; Dear, P.H. & Tomley, F.M. (2004). The Eimeria genome projects: a sequence of events. Trends In Parasitology 20(5):199-201.

Fernandez, S.; Pagotto, A.H.; Furtado, M.M.; Katsuyama, A.M.; Madeira, A.M.B.N. & Gruber, A. (2003). A multiplex PCR assay for the simultaneous detection and discrimination of the seven Eimeria species that infect domestic fowl. Parasitology 127(4): 317-325.

Da Silva, A.C.R. et al. (2002). Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature 417:459-463.

Simpson, A.J.G. et al. (2000). The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. Nature 406:151-159.